随着基药制度向二、三级医院进一步推进，出台相应的基本药物目录也被推上了紧迫的议事日程。采访人员从正在召开的全国“两会”上获悉，新版的基本药物目录已经在征求意见中。预计比现在的307种****基本药物扩容一倍，包括约400种西药和200种中药。但是，基本药物目录修订后如何与此前基层已执行的基本药物制度衔接，如何保证这些药物在大医院的使用量，以及相应的补偿问题等，都尚未明确。与此相关，围绕基本药物制度的争议依旧绵延不绝。 
    早在2009年11月，卫生部药政司基本药物处处长谢晓余就曾在一个论坛上透露，县级综合医院以上，公立医疗机构配备使用的基本药物目录在770种左右，其中化学药和生物制药约为580个，中成药约为190个。接近决策层的专家告诉采访人员，上述版本是根据WHO的有关建议，结合大医院的实际用药情况所做出的，“数量上和医保甲类目录大致相当”。 
    根据****的政策安排，调整后的基本药物目录将不再区分基层机构版本和大医院版本，也比当初的设想要少一些--此次“两会”期间，全国政协委员、卫生部部长陈竺透露，即将出台的新版基本药物目录主要包括WHO推荐的400种西药，另外配有200种中药。 
    根据测算，2010年我国卫生总费用中的个人支出比例就已下降到35%左右，相当于韩国目前水平。这说明财政对医疗卫生的投入已相当可观，而我国医保的保障水平一直偏低，说明财政补助的效率很低，并没有真正补到老百姓就医上。把基本药物推向大医院，则财政需要投入的“零差率”补偿资金就要加大。 
    ****基药制度推出之际就提出，二、三级医疗机构基本药物的使用要达到一定比例。据悉，卫生部正在研究三级医疗机构使用基本药物的比例，从配备品种和销售金额两方面给予规定。其标准相当程度上参照了安徽省的做法，比如二、三级综合医院使用基本药物的数量，须分别占整个****基本药物目录品种数量的95%以上和80%以上。 
    这样一来，基本药物在基层和在大医院的使用中，同时具有“天花板”和“地板”两种性质。本来只是作为**基本用药保障的基本药物制度，却被不恰当地赋予了控制医疗费用增长的重任，完全背离了制度初衷。另一方面，在现有扭曲的补偿机制下，公立医院倾向于用高价药早已是不争的事实，强行规定基本药物使用比例，可能诱使大医院开出更多“大处方”，以做大基数的方式来达标，且这一招往往不易监管。